鐵路是日本人最常使用的大眾交通工具，並已在國內建構了非常完善之鐵道網絡，也有非常良好的無障礙設施如手提移動式斜坡板、手扶梯及電梯在主線的車站都已具備。鐵路的車廂地板與月台大多位於同一高度，使得上下火車容易許多，但在部分鄉村地區的無障礙設施普及度則較低。有些快速列車也許沒有足夠的空間或座位特別提供給輪椅使用者，而有些車站也沒有電梯，但若是手推輪椅使用者即可使用手扶梯，或請求站務人員的協助。可是必須注意在東京都會區於早晨及傍晚的尖峰時間將變得非常擁擠，對於輪椅使用者來說甚至是會造成移動上的危險。         

新幹線 (子彈列車)是日本最高速及便利的列車，且所有的車站皆具備完善之無障礙設施，月台上的電梯可提供所有乘客使用。車廂地板與月台幾乎皆位於同一高度，但列車門並不特別寬，列車為輪椅使用者備有無障礙車廂，出入口較一般列車門寬，並有寬敞的廁所及輪椅位，甚至亦有頭等車廂房間可供使用。輪椅位及多功能頭等車廂房間必須先行預約，並須支付額外訂定手續費用。以短程旅行來說，建議可選擇使用底層普通車廂以便節省金錢也無需事先預約。    

近來有越來越多的低底盤巴士開始上路，但這些低底盤巴士比例仍然少於市面上所有一般巴士數量的百分之五十，而在鄉村地區則比例更低。雖然低底盤巴士對於輪椅使用者來說是無障礙的，但有時仍會因察覺到在司機及其他乘客間有著排斥或不受到歡迎之氣氛而讓人感覺不愉快。日本的街道普遍因不夠寬闊而無法在巴士停靠站週邊區域預留許多空間，且日本的巴士皆並不特別大，基於以上兩個原因有時在上下車部分會造成些許困難。  

很可惜，在日本的計程車費率並不便宜，多數的計程車型都是小轎車，在市區裡有許多計程車更是在後車廂搭載瓦斯桶，以天然氣做為燃料，僅剩下非常狹小的空間可供輪椅放置。但可使用能直接乘載輪椅的復康計程車(福祉計程車)服務，一般來說此種交通服務僅在各區域內提供給年長者及身心障礙者，但也可作為觀光用途之包車來使用，會特別有助於以團體或家庭型態的方式出遊之旅客。   

若是會開車的話可以選擇租一輛車代步，但必須注意大多數的租賃車都是自排車，並沒有很多手排車可供租賃。此外基本上通常沒有或僅有非常少數量的改裝手控車可供下肢障礙之駕駛租用，因此若團體旅遊中有人願意開車的話，可以直接租用某些公司所提供配備有升降設備之復康廂型車，如此一來即可到達任何想去的地方。